Humboldt pinguïns blijven hun hele leven trouw aan één partner. Ze leggen 1 tot 2 eieren per keer, die ze het liefst uitbroeden in een kuil die ze zelf hebben uitgegraven in een dikke laag opgedroogde vogelpoep.
Eens per jaar worden de oude veren vervangen door nieuwe: de rui. Tijdens de vijf weken rui is het verenkleed niet waterdicht, waardoor ze niet op jacht kunnen naar vis. Daarom eten ze in de weken voor de rui extra veel.
